El nombre de Cuyotepeji es una degeneración de Coyotepexitl, nombre náhuatl que puede traducirse como “Peña del Coyote”.
El vocablo en lengua Mixteca es Yuku Ñaña que se interpreta como “cerro del Coyote”, jaguar o animal feroz.
Es probable que el nombre provenga del culto y veneración que en tiempos remotos se haya profesado al coyote ya que se han encontrado fragmentos de cabezas de coyotes hechos en cerámica por los antepasados en algunos cerros del municipio.
No se sabe la procedencia de los primeros pobladores de este pueblo, solo cabe señalar la manera de como adquirieron los terrenos de que actualmente disfrutan. En el archivo general de la Nación se encuentra la Merced Real expedida a favor de Asunción Cuyotepeji en el año de 1578 por don Martín Enriquez Visorrey Gobernador y Capitán General de su majestad en la Nueva España. Con posterioridad en 1704 se dio posesión de dichos terrenos a un cacique. En 1785 pasaron dichos terrenos a posesión de Don Gregorio Villagómez y después por gracia Virreinal en la época colonial se expidieron títulos a los antecesores del ex-cacique Mariano Francisco Villagómez en cuyos terrenos se fundó el pueblo.
Durante la dominación española y aun después de la Independencia aquellos caciques y sus descendientes ejercían todo el poderío de que se investían desde su clase y tenían como vasallos a los habitantes de este lugar, hasta que agobiados por el peso de la servidumbre que se les imponía, le hicieron pleito al ex-cacique Mariano Villagómez, consiguiendo al fin arreglar con sus herederos una transacción, por la cual una sociedad de vecinos del mismo se quedó con la mayor parte del terreno disfrutándolo por cierta cantidad de pesos que tuvo que pagarle. El 22 de Agosto de 1861 los vecinos de Asunción Cuyotepeji compraron a los descendientes del cacique Mariano Villagómez los terrenos que ocupa el poblado, con lo que terminó el conflicto que tenían con ellos, por la propiedad de los mismos. El 23 de Octubre de 1891, se registro como Asunción Cuyotepeji, Ayuntamiento del Distrito de Huajuapan, por el decreto “División Política, Judicial, Municipal y Estadística del Estado Libre y Soberano de Oaxaca.
